日本人爱推理，这是日本独特的文化现象。在日本推理近百年的历史中，大量的推理杂志就像密云一般布满推理世界的天空，主导着日本的推理气候，网罗着日本国内外的推理作品，影响了一批又一批推理作家，见证着日本推理的风云变幻。
新青年
《新青年》由博文馆创刊于1920年，在日本推理的创成期，是影响最大的一本杂志。主编森下雨村以面向年轻一代的方针来打造《新青年》，在刊登翻译的国外侦探小说的同时，募集新的原创侦探小说。
在森下担任主编的时期，《新青年》培养了日本本土的第一批推理作家，其中就包括江户川乱步、横沟正史、甲贺三郎、梦野久作等在推理文坛上举足轻重的大家。江户川乱步以“不输给欧美侦探小说”的信心，将寄给森下雨村。如果没有《新青年》作为他发表作品的渠道，恐怕他就按照最初的想法，去美国做侦探小说家了。推理性极强的刺激了包括上述几位推理作家在内的一大批日本本土推理作家的出现。
1927年，横沟正史担任《新青年》的主编，并极力推崇江户川乱步。1928年，他亲自向乱步约稿，在《新青年》上分3次连载了乱步的复出作品，并且令《新青年》出现了前所未有的再版情况。
后来，《新青年》一度远离侦探小说，在喜欢棒球的水谷准担任第4代主编时，《新青年》里增加了不少与棒球有关的内容，同时还涉及了当时流行的音乐、电影、时尚。这一时期，小栗虫太郎、木木高太郎等推理作家开始活跃。
在“二战”期间，军部极力压制侦探小说的出版，许多推理杂志被迫停刊。《新青年》的战争色彩也变得越发浓厚，比如刊载军人的“陆海军时局对谈”、连载吉川英治的“特色亚细亚”等。而由于战争时期物资紧缺，《新青年》的页数在1942年减少了一半，1944年甚至减少到了56页，1945年3月号的杂志因印刷厂遭到空袭而未能发行。
战后的1947年，在财阀解体的浪潮下，博文馆解散，《新青年》换了发行方。在停刊前一年的1949年，《新青年》刊登了横沟正史的、乱步的《侦探小说30年》（探偵小説三十年），以及山田风太郎、林房雄等侦探小说家的作品，但这仍然未能改变《新青年》经营不善的局面。《新青年》在发行了1950年7月号后停刊。
《新青年》培养的作者群和读者群共同造就了战前大众的新趣味，除了《新青年》，战前的推理杂志还有《新趣味》（1922年创刊）、《侦探文艺》（1923年创刊）、《侦探趣味》（1925年创刊）、《猎奇》（1928年创刊）、《ALL读物》（オール讀物，1930年创刊）、《侦探》（1932年创刊）、《Profile》（ぷろふいる，1933年创刊）、《shupio》（シュピオ，1935年创刊）等，数量众多，内容各有千秋。
《新趣味》创刊之初只刊登侦探小说，之后向刊登翻译作品转变，同时通过悬赏来募集侦探小说；《侦探文艺》是《秘密侦探杂志》的后身，一开始以刊登翻译的国外作品和犯罪实录为主，后来原创作品也逐渐增多；《猎奇》在关西的作家圈中创刊，主要刊登短篇小说，江户川乱步给予其“虽然小粒但却火辣辣的、让人觉得愉快”的评价；《侦探》在创刊时有甲贺三郎、横沟正史等创作阵容，后又增加了犯罪实录，还网罗了一批在其他侦探杂志上很少见的作家；《shupio》的前身《侦探文学》是作为同人志创刊的，带有实验性，改名为“shupio”之后开始从大众娱乐杂志向专业杂志转变。
这些战前创刊的推理杂志多数在战前就停刊了，而其中的《ALL读物》目前仍在发行。这本由文艺春秋社出版的文艺杂志涵盖推理小说、纯文学、随笔、漫画，在1962年至2008年间主办了ALL推理小说新人奖，西村京太郎、宫部美雪、石田衣良都曾获得过该奖。
宝石
战后，在江户川乱步的推动下，《宝石》于1946年创刊。《宝石》的编辑城昌幸将宝石所具有的“美的秘密与故事性”与“侦探小说”类比而得此志名。创刊号刊登了江户川乱步的旧作的漫画版，并开始连载横沟正史的，发行量达5万册之多。随后，横沟正史的的续篇、高木彬光的等陆续登上该杂志。
1948年，《别册宝石》作为《宝石》的增刊创立，比《宝石》更加娱乐化、主打“世界侦探小说全集”和新锐作家的挖掘。1956年，城昌幸将《宝石》从经营不良的岩谷书店独立出来，成立宝石社。
1957年，江户川乱步出任《宝石》主编。当时的《宝石》已经陷入赤字，江户川乱步自掏腰包来控制局面，通过刊载横沟正史的（悪魔の手毬唄），让高木彬光执笔坂口安吾《复员杀人事件》的未完成部分，同时自己为各部作品的刊登撰写序言，一下子拉高了《宝石》的销量。另外，邀请包括火野苇平、远藤周作、石原慎太郎、寺山修司在内的一般作家来写推理小说也是他的编辑策略之一。这一时期，《宝石》刊登了高木彬光的《成吉思汗的秘密》（成吉思汗の秘密）、松本清张的、涩泽龙彦的《黑魔术的手贴》（黒魔術の手帖）等。1959年，乱步因病离开主编之位，之后《宝石》的经营继续恶化。1964年，作为战后推理界中心的《宝石》停刊。
1968年，光文社买走《宝石》的版权，除了通过出版面向男性的月刊综合杂志外，还创办了《周刊宝石》《小说宝石》《SF宝石》来延续《宝石》之名。其中，《小说宝石》侧重推理，主办有日本推理文学大奖和日本推理文学大奖新人奖。
密室
如果说战前推理杂志以趣味、猎奇为特征的话，密室、本格推理和名侦探物语则是战后推理杂志的特征。代表战后推理杂志的《宝石》和其他形形色色的推理杂志共同成就了战后推理界的繁荣。
《Lock》（ロック）的创刊比《宝石》还要早1个月，它在1946年3月创刊时，一边面对着用纸不足的问题，一边为作家们提供发表作品的园地。刊名具有神秘气息的以介绍海外作品与扶植日本推理小说为目的，功不可没。（1947年创刊）的执笔阵容多样化，在犯罪增加的战后初期，特别设计了防备犯罪的版块，体现了其大众化意识。《妖奇》（1947年创刊）以再次刊登战前的优秀作品而获得成功，无名作家和覆面作家的作品是其特色。（探偵クラブ，1950年创刊）是面向精英阶层的读物。（1952年创刊）则是20世纪50年代推理同人志中的代表，内容华丽、充实。
早川书房于1956年创办的《Mystery Magazine》（ミステリマガジン），最早是作为美国《埃勒里·奎因推理杂志》（Ellery Queen''s Mystery Magazine）的日本版创刊的，1977年与《埃勒里·奎推理杂志》解约，2008年更名为“早川·Mystery Magazine”（ハヤカワ·ミステリマガジン），目前仍在刊行。而《埃勒里·奎因推理杂志》的日本版则由光文社《EQ》杂志继承，与《早川·Mystery Magazine》一样，主要刊登海外作品，1999年休刊。其后继杂志《GIAllO》（ジャーロ，2000年创刊）基本只刊登本土作品，设有本格推理大奖，并成为日本本格推理作家的主要阵地。
双叶社的《小说推理》创刊于1961年，创刊时名为“推理故事”（推理ストーリー），1973年改名为“小说推理”，至今仍在刊行，推理、时代、SF、情色小说都有涉猎，设有推理短篇奖“小说推理新人奖”，刊登过凑佳苗、驰星周、西村京太郎、近藤史惠、角田光代、恩田陆、石田衣良、池井户润、赤川次郎等名家的作品。
以江户川乱步的作品作为刊名的《幻影城》是1975～1979年之间发行的推理小说专门杂志，设有幻影城新人奖，泡坂妻夫、栗本薰、田中芳树和连城三纪彦都是通过该奖出道的。
由讲谈社出版的推理杂志《梅菲斯特》（メフィスト）于1996年创刊，刊名来自小野不由美的小说《梅菲斯特与华尔兹》，刊登推理、传奇、时代、SF小说，以及推理漫画、评论等，岛田庄司、绫辻行人、浅暮三文、二阶堂黎人等推理作家都为其执笔，设有梅菲斯特奖。《Mysteries！》（ミステリーズ！）是东京创元社2003年创刊的杂志书，其前身是1992年创刊的《创元推理》，每年举办推理短篇奖“Mysteries！新人奖”。
《FAUSt》（ファウスト）于2003年创刊，是讲谈社不定期刊行的文艺杂志，也是讲谈社创业100周年纪念的新杂志企划中的一环。《FAUSt》由太田克史一人编辑，其内容涵盖短篇小说、批评、漫画、插画、随笔、专访等，作者阵容则包括舞城王太郎、佐藤友哉、西尾维新、乙一、北山猛邦、京极夏彦等，在中国台湾、韩国、美国皆有发行。
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