昭和16（1941）年12月8日，太平洋战争最终爆发了。在战争初期的一年间，有很多国民都认为战况对日本有利。这期间，举国上下对于国家政策下的日本精神一片赞美。

        在昭和17年，《文学界》10月号刊登了题为“超越近代——文化综合会议”的座谈会内容，这个座谈会的主持者是河上徼太郎，西谷启治、小林秀雄、林房雄、龟井胜一郎、三好达治等人出席了座谈会。座谈会的主题是论述对西洋物质文明的超越。在会上，科学哲学家下村寅太郎说道：“必须重视制造机械的精神”，不过领会其中真意的人恐怕不多吧。从昭和初期到战时，政府不断宣扬“科学之心”这一口号，其实质不过是提倡与科学精神毫无关联的国家节 约政策，劝助大家节 约食物及生活用品，而不是基于科学的合理性来批评不合理的政策、军事以及行政体系。

        在战争期间，海野十三作为理事加入了海军报道部后援组织“黑铁会”，并作为从军记者周游了南方，写下了《赤道南下》等从军记。另外，他还写了“俾斯麦诸岛攻略记”、“年轻通信兵的临终”等战争纪实文。因此，要说海野十三支持战争并不是一种误解。不过，他没有能创作纯小说意义上的辅助国策的军事科幻小说。

        相反，海野先生撰写了《金博士系列》和《宇宙战队》。《金博士系列》讲述的是由一名国籍不详的天才奇人科学家的军事发明而引发骚动的故事，全文充满了黑色幽默的元素。《宇宙战队》讲述的是人类为了与外星人作战而齐心协力的故事，如果考虑到战时的管制制度，也可以说是完全的“自由表现”了。

        大下宇陀儿撰写的《百年病奇谭》是一部以日本战后百年为舞台背景的作品，作者用出人意料的手法宣告了太平洋战争中的日本不可能获胜。海野先生和大下先生都是爱国者，在冷静地思考之后就已清晰地知道日本根本没有胜利的可能性。

        兰郁二郎也陆续发表了《太平洋轰炸基地》（昭和17年）、《热线博士》（昭和17年）、《超级潜水母舰》（昭和17年）、《海底兵团》（昭和17年）、《隐形新兵器》（昭和17年）、《海底绅士》（昭和17年）、《太阳之岛》（昭和18年）、《新日本海》（昭和18年）、《南海的毒盏》（昭和18年）、《爆发光线》（昭和18年）等科幻小说，但他于昭和19年1月5日去台湾时因飞机失事而身亡。

        除了这些作品外，涉及战时发表的作品，还有竹村猛儿的《试药第六零七号》（昭和17年）、那珂良二的《海底国境线》（昭和17年）和《非武装舰队》（昭和17年）、耶止说夫的《大东亚海奇谈》（昭和17年）和《太平洋部队》（昭和17年）、寺岛木正史的《海底隧道》（昭和18年）、南洋一郎的《海底战舰》（昭和19年）、伊东福二郎的《要塞岛出击》（昭和19年）、南泽十七的《海底黑人》（昭和19年）等作品。值得一提的是，在战后凭借“不可思议的小说”出名的三桥一夫，于昭和16年自费出版了由自己主编的小说集《第三只耳》、《拔足天国》和《归乡》。这三部曲被认为是三桥一夫在出征前考虑到自己可能会战死而留下的作品。

        在战争期间的科学小说中经常出现原子弹，其中最有名的应该算是北村小松的（昭和17年、初版是前一年）。小松左京同步阅读了这部作品，他回想起当时的情景，说道：“北村小松先生在战争开始之前就在小学生报上发表了，小说中出现了原子弹的场景，只有火柴盒大小，但是能轻而易举地把富士山炸毁了。”（《SF杂志》昭和35年1月号，与矢野徼先生的对话。）

        当时的日本传闻军方正在秘密开发新式武器“原子弹”。事实上，接到军队命令的理化研究所等也进行过研究，但由于资源、资金不足，并没有研究出计划中的武器。

        即使如此，在耶止说夫的《青春赤道祭》（昭和17年）、立川贤的《桑港化为乌有》（昭和19年）、守友恒的《无限炸弹》（昭和19年）等中都曾描写过原子弹。然而在现实世界中，开发原子弹的不是日本而是美国，并且带来了无法想象的灾难。
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