土司与土司之间经常为了掠夺土地和人畜发生战争，一旦发生战争，有些土司的势力就会得到恶性膨胀。在明代，土司甚至对中央政权发动过进攻，清朝虽然没有这样的事，但是土司抢劫的事情经常发生，中间有大量的汉人被屠杀。有的土司统辖数百里地，拥兵数万甚至数十万，对中央政权构成了严重的威胁，如湖广永顺保靖土司彭氏、云南丽江土司木氏、贵州水西土司安氏等等，他们拥有大量的地盘和军队，甚至有自己的官吏、法庭和监狱。

        这些土司们俨然独霸一方的土皇帝，妨碍了一个国家的统一，也不利于各地的经济文化交流。

        到了康熙雍正的时候，清政府里有许多有识之士求对土司制进行改革，云南提督蔡毓荣说：“土司时代承袭，既不是通过选举，也不是通过中央任命，很容易做出违法乱纪的事情来。”有人甚至提出，土司制度是天地间的缺陷，如果任其发展，则会养虎为患。

        还有一些地方，连经过中央政府承认的土司都没有，这些地方通常是由当地的头领控制，这种制度又叫做土舍制。土司和土舍们表面上臣服于中央，实际上都是林林总总的割据政权，他们和中央政权利益有冲突。明朝就作出了一些改革，对于一些条件允许的地区，取消土司制，实行郡县制，派遣流官前去治理。改土归流思想在明朝时期就已经存在了，不过当时实行得比较少。

        到了雍正的时候，土司制的弊端积累到一定程度，土司们对属民的加派问题日益严重。事实上，属民完全沦落为土司的奴隶，土司杀死属民好比杀一条狗，土司抢夺属民的子女根本不会受到任何追究。很多土司私定刑罚，私设刑堂，以致属民很长时间只知道有土法而不知道有国法。

        雍正二年，幕客蓝鼎元还提出削弱司的具体办法：根据土司所犯的罪行轻重，削夺土司的村落，缩小土司的管辖范围；罪行严重的，则直接剥夺其土司的头衔，将其统辖的地方和属民交给州县管理；若是不方便实行改土归流政策，就将作恶的土司除掉，将他的领地分给属民的子侄和亲友。

        雍是中国专制独裁的集大成者，他不能允许大清的版图上还有其他土皇帝。

        在我国西南的一些省份，像云南、贵州、广西、四川等省的一些地方，住着许多少数民族。这些少数民族的生产力很低，文化发展参差不齐，有的在偏远山区，跟中央政府的关系松松散散。

        土司的罪恶由来已久，不光清廷想整治土司，属民们也强烈地渴望摆脱土司的控制。有的村子里全村的人都要求离开土司，申请归地方政府管辖。

        土司职位可以世袭，他们与中央的关系就是定期纳贡缴税。明朝建立后，仍然沿用了土司制，而且进一步完善，土司跟中央的关系更紧密了，要负责驻防征调等任务。到了清朝，仍然沿用土司制度。顺治五年提出口号：“各处土司，应该世代守护着自己的地盘，不要听从叛贼的诱惑。凡是没有归降的土司，尽快归降，我们给予优待……”

        土司制很有民族自治的味道，尽管他们的继承是世袭的，但也要中央政府的批准。不过，在土司内部，中央政府就干涉不了，征多少税完全由他们自己说了算，土司内部有许多不成文的规定，比如对于他的属民有生杀予夺的权力，这些中央政府都管不了。

        在改土归流之前，清政府首先对土司进行分化和削夺。

        对这些少数民族，对这些山区人民，中央政府一直采取跟内地不同的怀柔政策，也就是羁縻政策。在唐太宗的时候就设置了羁縻州县，这些地方的刺史由当地的首领担任，宋朝沿袭了唐朝的旧制。元朝建立后，将这些羁縻州县纷纷纳入内地州县，对少数民族实行土司制度。
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