某大型综合医院胸外科是全院最热门的科室，大师兄业务精湛心高气傲，但在微创手术上一直有着难以逾越的阴影；二师兄是全家蜗居50平米的凤凰男，业务上无望代替大师兄，拿红包靠山头走刀尖寻找一线生机；最小的师弟又笨又废柴，承包了全科室的笑点，错漏百出，大多时候只是手术台上的助手，然而一本神秘的《怪医笔记》，使他每每能在所有人无能为力时逆转局面。带头主任孙慧和副院长之间有着不可调和的矛盾，牵涉到技术、资金、上位等多重问题。在二人博弈过程中，医院接二连三出事，有管理上的疏忽，有技术上的失误，也有无力回天的医学局限……技术、仁心、利益，同门陌路；抉择、信任、局限，罗生之门。

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