2003年9月28日，陈水扁在民进党成立17周年时口出狂言，要制订“台湾新宪法”，其目的是为借机实施“台独”公投制造法律依据，使全面实现“台湾独立”合法化。随后陈水扁又抛出“台独”时间表，叫嚣要在“2003年完成公投立法”“2004年实施公投”“2006年制宪”“2008年实施新宪”。

        11月11日，陈水扁授意手下举办了一个所谓的研讨会。他对着一群学者再次叫嚷“一边一国论”；鼓吹“公投”“新宪法”。

        就在陈水扁为“台独”造势之时，11月15日，国民党主席连战作出令人非常意外的决定，他不但要求该党“立法院党团”对民进党推动“公投立法”的活动采取放任态度，甚至公开提出比陈水扁更激进的“新宪三部曲”：2004年2月前，各方提出“新宪法”版本，并进行辩论；2004年实施“公投入宪”，成立“修宪”机制；2005年通过“公投”，制定并实施“新宪法”。

        台湾岛内在两岸关系话题上的斗争已进入白热化。11月18日下午，陈水扁再次向国民党、亲民党发难，暗示要以“台湾新宪法”对抗连战的“中华民国宪法”。18日晚，国民党中央当即回应，“再次超前一步”，提出把原定于2004年5月推动的“公投入宪”，提前至本月24日。

        面对“台独”势力的嚣张气焰，11月21日，中国国务院新闻办公室在北京举行新闻发布会，新上任的社科院台湾研究所所长余克礼及国务院新闻办新闻局副局长郭卫民，全国台研会副会长许世铨，清华大学法学院教授、中国国际法学会副会长李兆杰等专家学者就台湾问题发表谈话。

        余克礼说，“公投法”本月底获得通过的可能性很大，如果它含有“统独公投”的内容，将为“台独”势力搞“台独”提供“法理”依据。这意味着与大陆摊牌，中国政府将被迫采取断然措施。

        外界评论认为，向来说话直来直去的余克礼向台湾发出的警告是严肃的，表明大陆在台湾态度上转变更为强硬，已经做好一切准备以应付“台独”的挑衅，包括采取“断然措施”，以武力打击分裂势力。

        很多人都有这样的看法，陈水扁之所以越来越猖狂，除了有美国的撑腰外，还想钻大陆举行奥运会的空子。认为中国大陆一方面忙于经济建设，一方面要在2008年举行奥运会，无暇顾及台湾的事件。

        在11月19日的中华全国新闻工作者协会的记者招待会上，余克礼毫不含糊地警告陈水扁之流：“台独”分子还是不要打奥运会的主意好。

        余克礼说，奥运会在中国举行是中国人民盼望了很久的事情，2008年这一愿望终于可以实现，对于中国来说确实是历史上很有纪念意义的一年。而奥林匹克精神在一个13亿人口的大国、以奥运会的形式加以弘扬，也是对国际奥林匹克运动的一大贡献。如果少数民族败类想乘机钻空子搞“台独”，中国政府一定会采取坚决措施阻止其图谋得逞。中国政府的做法不仅将得到海内外华夏儿女的支持，也会得到国际社会的理解。

        人们或许还没有忘记两年前，余克礼就北京申奥成功及进入世贸组织后两岸关系如何发展等问题，接受了台湾“中央社”记者专访的情形。当记者问及“北京申奥成功是否会给两岸提供改善关系良机的问题”时，余克礼预言，虽然北京申奥成功可以为化解两岸僵局创造条件，但是两岸关系最后走向何方，最根本的还是要看台湾执政当局所采取的政策，如果台湾执政当局不接受“一个中国”原则，不接受“九二共识”，那么两岸政治僵局将很难打破。他认为，我们当然希望把奥运办好，但是台湾执政当局如果认为大陆为了办好奥运会，就可以趁机挑战“一个中国”政策或者采取什么激烈的分裂手段或动作，就将直接破坏两岸关系和平与稳定的基础，导致所有中国人都不愿意看到的后果。他同时认为，两岸入世后如果希望经贸关系能有突破性的发展，根本还是要解决政治问题，政治问题不解决，两岸经贸关系就很难取得突破性进展。

        尽管余克礼表态总是不失强硬，但无寄希望于两岸的和平稳定。但种种迹象表明，台湾分离势力一直把中央政府的忍耐当作软弱，低估解放军敢战的决心。这就使得大陆的官员和学者不得不面对复杂的形势，勇敢地以主动姿态迎接各种挑衅，以保卫祖国的领土完整。

        11月18日，余克礼在接受新加坡《联合早报》记者采访时，以非同寻常的口吻指出：“中国将勇于面对美日军事干涉。”

        余克礼在全国台研机构有“第二梯队主力”之说。这是2003年8月第12届海峡两岸关系学术研究会上，台湾政治大学中山所所长邵宗海教授的一大“发现”。当时这位年逾古稀的老前辈在会上看到包括余克礼在内的大陆老中青台研专家后，感到这个比论文更有意义的“特色”。他感慨道：在两岸关系研究领域，“第三梯队”在建立，年轻学者正在接班。他指着在台上就座、年已七旬的全国台湾研究会名誉副会长姜殿铭和50来岁的余克礼说，如果把姜先生视为“第一梯队”，余先生视为“第二梯队”，那么，现在比余先生还年轻的“第三梯队”已经在成长。

        邵宗海教授的说法是恰如其分的，当国内台研专家队伍中的老将如姜殿铭、许世铨、陈孔立、范希同等从台研机构的第一把手的位置上退出后，余克礼等第二梯队已开始独掌面门。

        2001年复旦大学国际政治系毕业的刘国深博士从范希同手上接过了厦门大学台研所所长的职务，当时才37岁；2003年北京联合大学台湾研究所（前身是1989年5月成立的北京联合大学应用文理学院台湾研究室）成立后，56岁的历史学家徐博东教授成为所长，年轻的朱显龙担任副所长；稍后，担任副所长多年的余克礼接替许世铨担任社科院台研所所长。此外第二梯队中还有南京大学台研所所长崔之清、清华大学台研所所长刘振涛、和平与发展研究中心研究员辛旗等。

        这些第二梯队的主力队在两岸关系的研究中是活跃的力量，也是高层最看重的智囊团。而作为台研机构中级别最高的台研所所长，余克礼似乎更为引人注目。
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